#02. COVID-19: nova linhagem do SARS-CoV2 (variante VUI-202012/01) ou conhecida como "B117"



No final de setembro, no Reino Unido, surgiu uma nova linhagem do vírus da COVID-19, o SARS-CoV2, originalmente denominada variante B.1.1.7 que está já atingiu vários países incluindo o Brasil, conforme descrito pelo CADDE. Esta linhagem foi detectada em novembro de 2020 com origem provável no final de novembro na região sudeste da Inglaterra.


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Segundo publicações científicas, essa nova linhagem apresenta maior transmissibilidade pelos seguintes motivos (Figura abaixo):


  1. Substituição N501Y: esta alteração na proteína Spike aumenta a ligação do vírus à ACE2 ( enzima conversora da angiotensina 2 ECA 2 é tudo uma enzima componente do sistema renina angiotensina aldosterona), além de ter sido observada maior infectividade celular em modelos animais.

  2. Substituição P618H: esta alteração na proteína Spike tem relação com o local de clivagem da proteína Furina que cliva ("quebra") proteínas e as torna ativas. Ela se junto ao local de clivagem da Furina tornando o vírus mais eficiente na sua entrada na célula humana.

  3. Deleção nas posições 69 e 70 da proteína Spike: essas alterações provocam falhas nos testes que utilizam a sonda da marca ThermoFisher TaqPath direcionada á proteína Spike.



Segundo os pesquisadores, a ausência de detecção do gene alvo S em um teste de PCR positivo parece cada vez mais ser um marcador altamente específico para a linhagem B.1.1.7


Os dados de vigilância dos testes no Reino Unido mostraram um rápido aumento nas falhas do gene S-alvo (SGTF) em testes de PCR para SARS-CoV-2 nos meses de novembro e dezembro de 2020, e a linhagem B.1.1.7 agora foi designada pela Agência de Saúde Pública da Inglaterra como Variante de Interesse (VOC - Variant of Concern) 202012/01.


Estudos filogenéticos conduzidos pelo UK COVID-19 Genomics Consortium (COG-UK) 7 forneceram a primeira indicação de que o VOC tem um acúmulo incomum de substituições e estava crescendo a uma taxa elevada em relação a outras linhagens circulantes.


Os pesquisadores Ingleses observaram que os números crescentes de reprodução (valores 'R') estão associados ao aumento da frequência de SGTF entre os casos relatados, no biomarcador de infecção de VOC, e confirmaram essa associação por meio de uma variedade de abordagens analíticas.


Criticamente, há evidências de que as intervenções não farmacológicas como uso de mascaras, distanciamento social e quarentenas foram suficientes para controlar linhagens não VOC para números de reprodução abaixo de 1 durante o bloqueio de novembro de 2020 na Inglaterra, mas que, ao mesmo tempo, essas mesmas intervenções não foram suficientes para controlar os VOC.

Influencia dessa mutação na distribuição por faixas etárias


Para avaliar as diferenças na distribuição de idade dos casos de VOC (mutação) versus não VOC, consideramos os números dos casos com proteína S- e S+ entre as semanas epidemiológica 46 (inicia em 08/11) até 51 (termina 19/12).


Os casos foram padronizados para diferenças na composição etária da população em cada área, ponderados para comparar os casos S- de cada região áreas do NHS England Sustainability and Transformation Plan (STP) (uma subdivisão geográfica das regiões do NHS) e de cada semana epidemiológica com um número igual de casos S + desse mesmo STP e semana (um desenho de caso-controle) , e agregados ao longo de semanas do NHS (Sistema de Saúde Pública do Reino Unido, irmão mais velho e experiente do SUS).


Levando em consideração a variação da amostragem binomial e a variação por área e semana, observaram significativamente mais casos S-, no biomarcador de casos de VOC, entre indivíduos de 0-19 em comparação com casos S +, e significativamente menos casos S- entre indivíduos de 60-79 anos (Figura abaixo). Esta tendência é observada em cada uma das regiões da Inglaterra mais afetadas pelo VOC até agora (Leste da Inglaterra, Londres, Sudeste e Midlands).


Esta nova variante B117 é potencialmente mais infecciosa em crianças de 0-9 ( +24 %) e 10-19 (+14 %) e menos entre 60-79, em comparação com as cepas comuns.



Distribuição por idade dos casos do gene S negativo (S-) e positivo do gene S (S +) PCR-positivo pilar 2 do conjunto de dados SGSS (não ajustado para TPR). Os números dos casos são ponderados para comparar os casos S- de cada região de STP do NHS e semana epidemiológica com um número igual de casos S + desse STP e semana (um desenho de caso-controle), e padronizados para diferenças na composição de idade de cada área de STP. (A) Distribuição por idade dos casos S- e S +. (B) Razão das proporções S- para S + dos casos em cada faixa de 10 anos. Os resultados mostrados são para as semanas 46-51. As idades foram limitadas a 80. 95% de intervalos de confiança empíricos calculados por bootstrapping sobre áreas de STP e semanas, e variação de amostragem dentro de áreas de STP e semanas.


Orientações do Ministério da Saúde e Fiocruz para investigação da nova variante


O Ministério da Saúde e Fiocruz orientam que todos os laboratórios que usam kits comerciais com alvo para spike devem pedir ao fornecedor os resultados dos ensaios que garantam a identificação das variantes recentes.


Devem ficar atentos para o “Spike dropout” pois a nova variante do Reino Unido apresenta deleçoes nas posições 69-70 e 144 e amostras com estas deleçōes tendem a não amplificar para o alvo S de alguns protocolos comerciais e amplificam pra outros alvos.


Em nota técnica, a Fiocruz esclarece o seguinte sobre as novas Variantes de SARS-CoV2:

  1. Em virtude do surgimento de uma linhagem de SARS-CoV2 (variante VUI-202012/01), Bio-Manguinhos, através de bancos de sequências e bibliografias disponíveis, avaliou o impacto destas mutações na detecção do vírus pelos testes de diagnóstico molecular de SARS-CoV2 de Bio-Manguinhos.

  2. Uma série de mutações e polimorfismos tem sido descrita para todo o genoma do SARS-CoV2, desde sua descoberta no final do ano de 2019.

  3. Alguns destas variantes virais, estão carreando uma ou mais mutações, que podem impactar na velocidade de espalhamento epidêmico do vírus.

  4. Para conhecermos a extensão do comprometimento imune ou diagnostico que estas mutações podem causar, é necessário em princípio conhecê-las, sequenciando diversos isolados virais em seus genomas, de diferentes regiões geográficas e, a seguir, mapeá-los quanto à capacidade destes mutantes possuírem modificações nos alvos imunológicos ou de diagnostico molecular para o vírus.

  5. Uma extensa bibliografia cientifica tem se estabelecido no último mês de dezembro acerca da descrição destes alvos importantes para diagnostico e vacinas, quanto ao seu comprometimento de eficácia pelo aparecimento destas variantes virais com suas mutações.

  6. Em relação aos kit de Diagnóstico Molecular desenvolvido por Bio-Manguinhos – Fiocruz, em parceria com o Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo do Instituto Oswaldo Cruz - IOC/Fiocruz, amplamente distribuído na Rede de Vigilância, formada pelos Laboratórios Centrais de Saúde Pública (LACENs), Laboratórios de Referência e rede de apoio,, através da CGLAB – DAEVS - SVS – MS; após o alinhamento de sequências referência *não há até o momento a descrição cientifica de nenhum isolado viral mutante que possa impactar potencialmente a qualidade (sensibilidade, especificidade, etc.) do diagnóstico pelos kits de Bio-Manguinhos para o diagnóstico molecular do SARS CoV2*, em seus alvos genéticos escolhidos para a composição do kit.

  7. Durante a fase de desenvolvimento, foram escolhidos alvos moleculares virais estáveis geneticamente, que tendem a escapar da necessidade natural dos vírus em mutar para escapar das pressões seletivas do ambiente; mais precisamente a região estável codificadora da proteína E (envelope viral) e em breve, será incorporado ao kit a região codificadora da proteína N (nucleocapsídeo viral).

  8. Portanto, até este momento, no estado-da-arte do conhecimento acumulado das variantes e mutações virais já descritas na bibliografia cientifica nacional e internacional, não há nenhuma mutação conhecida circulante na população, com alta frequência (polimorfismo genético viral) que impacte na capacidade diagnostica dos kits de Bio-Manguinhos para o diagnóstico molecular do SARS CoV2.

  9. As equipes técnicas e científicas, além dos consultores, de Bio-Manguinhos estarão avaliando de forma continua o surgimento de novas variantes e o impacto no desempenho dos produtos de Bio-Manguinhos.


Nota técnica de Biomanguinhos/Fiocrus sobre as variantes de SARS-CoV2

Nota tecnica SARS CoV2 Bio-Manguinhos_Va
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Download • 659KB

Nota técnica do Ministério da Saúde para orientação dos laboratórios sobre o diagnóstico molecular de variantes de SARS-CoV2

SEI_MS - 0018371792 - Nota Técnica varia
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Download • 223KB


Referências:

Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: Insights from linking epidemiological and genetic data. https://virological.org/t/transmission-of-sars-cov-2-lineage-b-1-1-7-in-england-insights-from-linking-epidemiological-and-genetic-data/576


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